La Strategia Marina è il pilastro ambientale della Politica Marittima Integrata Europea. In particolare la Direttiva Strategia Marina (2008/56/CE), recepita dallo Stato Italiano con il D.Lgs. 190/2010, si basa sul presupposto di raggiungere, entro il 2020, il Buono Stato Ambientale (GES) per una serie di descrittori (biodiversità, eutrofizzazione, rifiuti, etc.) indicatori della qualità delle acque marine. Al fine di raggiungere il GES, dal 2015 sono iniziate le attività routinarie di monitoraggio dei descrittori considerati.
I mari italiani sono suddivisi in tre sottoregioni: tirrenica, ionica, adriatica. Sebbene la Puglia si affacci su due mari, Adriatico e Ionio, sulla base del litorale prevalente si è deciso che ARPA Puglia faccia parte, da un punto di vista amministrativo, della sottoregione adriatica. Le attività di monitoraggio sono disciplinate dal Piano Operativo delle Attività (POA), documento che regola e descrive l’aspetto operativo (piani di monitoraggio, formazione, etc.) ed economico (distribuzione delle risorse) del progetto.
L’unità di base del POA è il modulo, inteso come l’insieme delle attività previste per il monitoraggio dei seguenti elementi:
Modulo 1 – Parametri chimico-fisici colonna d'acqua, habitat pelagici, rifiuti galleggianti
Modulo 2 – Microplastiche
Modulo 3 – Specie non indigene
Modulo 4 – Rifiuti Spiaggiati
Descrittore 5 – Eutrofizzazione (attività espletate nei moduli 6A, 6F)
Descrittore 8 - Contaminazione (sedimenti e biota)
Modulo 7 – Habitat coralligeno
Modulo 8 – Habitat dei fondi a Rodoliti
Modulo 9 – Habitat di fondo marino sottoposti a danno fisico
Modulo 10 – Habitat delle praterie di Posidonia oceanica
Al fine di rendere omogenee le attività collegate con le varie fasi del monitoraggio il MATTM, usufruendo della collaborazione delle ARPA nella fase di revisione, ha prodotto delle schede metodologiche per ciascun modulo. Le schede metodologiche forniscono indicazioni sulle variabili chimiche, fisiche e biologiche da monitorare, sulla metodologia di campionamento, sulle tecniche da utilizzare nella fase di analisi dei campioni, e, in alcuni casi, sul posizionamento delle stazioni.